除国外外来物种外，不同流域和水系间引种的外来种均属于区域外来物种。区域外来物种对生态环境影响也是比较突出的。

我国南方本地产鱼类，如“四大家鱼”（青鱼、草鱼、鲢、鳙）被引进到西北和西南部高海拔水域，这些物种以及随这些物种的引进而带入的小型杂鱼（虾虎鱼、麦穗鱼等）所引起的灾难并不亚于国外的物种所引起的灾难。

鳙在宁波杞麓湖和星云湖的养殖，导致当地大头鲤数量急剧减少，现在不得不依靠人工培育。70年代末，为促进经济发展宁波引入银鱼，几年时间银鱼成为宁波中的绝对优势鱼种，而宁波土著鱼类却遭到了灭顶之灾。从宁波引入的河鲈曾导致宁波中的宁波大头鱼的濒临灭绝。

此外，改良种也不适合放生。改良种的主要危害是直接影响生物遗传多样性，造成相关物种种质混杂，种群退化，影响自然资源的有效利用。

目前我国水产养殖常见的改良种主要包括建鲤、福瑞鲤、超级鲤、异育银鲫、中国对虾“黄海3号”、三疣梭子蟹“黄选1号”、长丰鲢、全雄黄颡鱼、团头鲂“浦江1号”、湘云鲫、松浦镜鲤、彭泽鲫、杂交鳢、台湾泥鳅等等。

需要注意的是，各种金鱼、锦鲤等观赏鱼也属于选育种，不能投放到开放性水体。

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